Музей по праву гордится уникальной коллекцией знамён. Как наиболее яркий символ объединения, власти, борьбы, трудовых свершений, знамя отразило историю современности — эпоху социальных потрясений, войн и революций.
В собрании ГЦМСИР коллекция знамен была выделена в 1970-е гг. Почти все предметы коллекции существуют в единственном экземпляре и даже те, что выполнены по уставному образцу, отличаются своей мемориальностью, являются участниками тех или иных событий истории XX века. Значительное место в коллекции занимают знамена политических партий и движений, профсоюзных, молодежных, женских, организаций, демонстраций и митингов от начала ХХ века и времен Советского Союза до современной России.
Знамя как почётная коллективная награда за труд, службу, учебу нигде не получило такого распространения, как в СССР. Знамёнами награждались предприятия промышленности, транспорта, сельского хозяйства, учебные заведения, учреждения науки и культуры. Среди них в музейном собрании — знамена Кузнецкого металлургического комбината, Метростроя, фронтовых бригад, первых целинных колхозов, строителей Байкало-Амурской магистрали.
Широко представлены в коллекции дарственные знамена. В 1920-1930-х годах знамя являлось особым даром трудовых коллективов партийным и правительственным органам к знаменательным датам, таким, как юбилеи Коммунистической партии, годовщины революции, партийные съезды. Дарственные знамёна отличает разнообразие изобразительной символики и лозунгов, в которых нашли отражение политические и общественные идеалы своего времени.
В коллекции представлены воинские знамена армейских частей Российской Империи, первых полков Красной Армии, знамена Советской Армии и партизанских отрядов периода Второй мировой войны.
Иностранные знамена поступали в музей из Коминтерна, МОПР, зарубежных Обществ дружбы с СССР. Часть знамен была прислана И.В. Сталину в качестве личных подарков к его 70-летию в 1949 году.
В собрании музея — боевое знамя «Союза Спартака», члены которого участвовали в январском восстании в Берлине в 1919 году; знамена немецкого «Союза красных фронтовиков»; австрийского Шуцбунда; интернациональных бригад, сражавшихся в Испании в годы Гражданской войны 1936-1939гг.; знамёна отрядов борцов Движения Сопротивления периода Второй мировой войны и др. Значительная группа знамен относится к послевоенному периоду.
